Je n'ai aucune réponse à ta question mais ce n'est toutefois pas la volonté de faire du bruit que je ne peux que te répondre de consulter cette page.
Elle n'est pas très à jour mais peut t'être utile !

LeDub bavard même quand il ne sait pas !

en mettant à jour le kernel debian officiel, je vois le message suivant :
The directory /lib/modules/2.6.26-2-amd64 still exists. Continuing as directed.

ils ont donc la meme problématique mais ils doivent utiliser une option spécifique à la compilation...

je compile mon propre noyau sur Debian en utilisant le package linux-source-2.6.32, en soit je ne modifie que la liste des modules.

Mon premier kernel se nomme :

2.6.32-romgo-1
ii  linux-image-2.6.32-romgo-1           10.00.Custom                 Linux kernel binary image for version 2.6.32-romgo-1

Ce package a été crée sur les sources 2.6.32-34squeeze1

aujourd'hui il y a eu un certain nombre de mise à jour du kernel la version debian est linux-image-2.6.32-5-amd64 (2.6.32-46)

J'ai donc récupéré les sources et re-compilé le kernel avec les mêmes modules (j'ai réutilise le même fichier .config).
En re-compilant  j'ai augmenté la révision :
ii  linux-image-2.6.32-romgo-1           11.00.Custom                 Linux kernel binary image for version 2.6.32-romgo-1

Apt détecte bien la mise à jour de mon kernel (c'est ce que je souhaite), cependant il m'indique lors de l'installation que le dossier /lib/modules/2.6.32-romgo-1 existe déjà, et que si j'installe mon kernel cela peut poser problème avec des nouveaux modules.

En fait, je souhaite publier une mise à jour de mon kernel pour des raisons de sécurité. Comment puis-je faire ?
La seule solution que j'ai trouvé c'est de renommer en   linux-image-2.6.32-romgo-2, mais dans ce cas là l'ancien kernel sera toujours là.

Avez-vous une idée ?

Merci